Pf7: an open dataset of Plasmodium falciparum genome variation in 20,000 worldwide samples - Université de Montpellier Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue Wellcome Open Research Année : 2023

Pf7: an open dataset of Plasmodium falciparum genome variation in 20,000 worldwide samples

Muzamil Mahdi Abdel Hamid (1) , Mohamed Hassan Abdelraheem (1) , Desmond Omane Acheampong (2) , Ambroise Ahouidi (3) , Mozam Ali (4) , Jacob Almagro-Garcia (4) , Alfred Amambua-Ngwa (4, 5) , Chanaki Amaratunga (6) , Lucas Amenga-Etego (7, 8) , Ben Andagalu (9) , Tim Anderson (10) , Voahangy Andrianaranjaka (11) , Ifeyinwa Aniebo , Enoch Aninagyei , Felix Ansah (7) , Patrick O Ansah (8) , Tobias Apinjoh (12) , Paulo Arnaldo (13) , Elizabeth Ashley (14, 15) , Sarah Auburn (16, 17) , Gordon A Awandare (7) , Hampate Ba , Vito Baraka , Alyssa Barry , Philip Bejon , Gwladys I Bertin (18) , Maciej F Boni , Steffen Borrmann , Teun Bousema , Marielle Bouyou-Akotet , Oralee Branch , Peter C Bull , Huch Cheah , Keobouphaphone Chindavongsa , Thanat Chookajorn , Kesinee Chotivanich , Antoine Claessens (19, 20) , David J Conway , Vladimir Corredor , Erin Courtier , Alister Craig , Umberto d'Alessandro , Souleymane Dama , Nicholas Day , Brigitte Denis , Mehul Dhorda , Mahamadou Diakite , Abdoulaye Djimde , Christiane Dolecek , Arjen Dondorp , Seydou Doumbia , Chris Drakeley , Eleanor Drury , Patrick Duffy , Diego F Echeverry , Thomas G Egwang , Sonia Maria Mauricio Enosse , Berhanu Erko , Rick M Fairhurst , Abdul Faiz , Caterina A Fanello , Mark Fleharty , Matthew Forbes , Mark Fukuda , Dionicia Gamboa , Anita Ghansah , Lemu Golassa , Sonia Goncalves , G Harrison , Sara Anne Healy , Jason A Hendry , Anastasia Hernandez-Koutoucheva , Tran Tinh Hien , Catherine A Hill , Francis Hombhanje , Amanda Hott , Ye Htut , Mazza Hussein , Mallika Imwong , Deus Ishengoma , Scott A Jackson , Chris G Jacob , Julia Jeans , Kimberly J Johnson , Claire Kamaliddin , Edwin Kamau , Jon Keatley , Theerarat Kochakarn , Drissa S Konate , Abibatou Konaté , Aminatou Kone , Dominic P Kwiatkowski , Myat P Kyaw , Dennis Kyle , Mara Lawniczak , Samuel K Lee , Martha Lemnge , Pharath Lim , Chanthap Lon , Kovana M Loua , Celine I Mandara , Jutta Marfurt , Kevin Marsh , Richard James Maude , Mayfong Mayxay , Oumou Maïga-Ascofaré , Olivo Miotto , Toshihiro Mita , Victor Mobegi , Abdelrahim Osman Mohamed , Olugbenga A Mokuolu , Jaqui Montgomery , Collins Misita Morang'A , Ivo Mueller , Kathryn Murie , Paul N Newton , Thang Ngo Duc , Thuy Nguyen , Thuy-Nhien Nguyen , Tuyen Nguyen Thi Kim , Hong Nguyen Van , Harald Noedl , François Nosten , Rintis Noviyanti , Vincent Ntui-Njock Ntui , Alexis Nzila , Lynette Isabella Ochola-Oyier , Harold Ocholla , Abraham Oduro , Irene Omedo , Marie A Onyamboko , Jean-Bosco Ouedraogo , Kolapo Oyebola , Wellington Aghoghovwia Oyibo , Richard Pearson , Norbert Peshu , Aung P Phyo , Christopher V Plowe , Ric N Price , Sasithon Pukrittayakamee , Huynh Hong Quang , Milijaona Randrianarivelojosia , Julian C Rayner , Pascal Ringwald , Anna Rosanas-Urgell , Eduard Rovira-Vallbona , Valentin Ruano-Rubio , Lastenia Ruiz , David Saunders , Alex Shayo , Peter Siba , Victoria J Simpson , Mahamadou S Sissoko , Christen Smith , Xin-Zhuan Su , Colin Sutherland , Shannon Takala-Harrison , Arthur Talman (20) , Livingstone Tavul , Ngo Viet Thanh , Vandana Thathy , Aung Myint Thu , Mahamoudou Toure , Antoinette Tshefu , Federica Verra , Joseph Vinetz , Thomas E Wellems , Jason Wendler , Nicholas J White , Georgia Whitton , William Yavo , Rob W van der Pluijm
Ifeyinwa Aniebo
  • Fonction : Auteur
Enoch Aninagyei
  • Fonction : Auteur
Hampate Ba
Vito Baraka
Alyssa Barry
  • Fonction : Auteur
Philip Bejon
Gwladys I Bertin
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 975734
  • IdHAL : gbertin
Maciej F Boni
Steffen Borrmann
  • Fonction : Auteur
Teun Bousema
Marielle Bouyou-Akotet
  • Fonction : Auteur
Oralee Branch
  • Fonction : Auteur
Peter C Bull
  • Fonction : Auteur
Huch Cheah
  • Fonction : Auteur
Keobouphaphone Chindavongsa
  • Fonction : Auteur
Thanat Chookajorn
Kesinee Chotivanich
  • Fonction : Auteur
David J Conway
Vladimir Corredor
  • Fonction : Auteur
Erin Courtier
  • Fonction : Auteur
Alister Craig
Umberto d'Alessandro
Souleymane Dama
  • Fonction : Auteur
Nicholas Day
Brigitte Denis
  • Fonction : Auteur
Mehul Dhorda
  • Fonction : Auteur
Mahamadou Diakite
Abdoulaye Djimde
Christiane Dolecek
  • Fonction : Auteur
Arjen Dondorp
Seydou Doumbia
  • Fonction : Auteur
Chris Drakeley
Eleanor Drury
  • Fonction : Auteur
Patrick Duffy
  • Fonction : Auteur
Diego F Echeverry
Thomas G Egwang
  • Fonction : Auteur
Sonia Maria Mauricio Enosse
  • Fonction : Auteur
Berhanu Erko
Rick M Fairhurst
  • Fonction : Auteur
Abdul Faiz
Caterina A Fanello
Mark Fleharty
  • Fonction : Auteur
Matthew Forbes
  • Fonction : Auteur
Mark Fukuda
  • Fonction : Auteur
Dionicia Gamboa
Anita Ghansah
  • Fonction : Auteur
Lemu Golassa
Sonia Goncalves
  • Fonction : Auteur
G Harrison
  • Fonction : Auteur
Sara Anne Healy
Jason A Hendry
  • Fonction : Auteur
Tran Tinh Hien
  • Fonction : Auteur
Catherine A Hill
  • Fonction : Auteur
Francis Hombhanje
  • Fonction : Auteur
Amanda Hott
  • Fonction : Auteur
Ye Htut
  • Fonction : Auteur
Mazza Hussein
  • Fonction : Auteur
Mallika Imwong
  • Fonction : Auteur
Deus Ishengoma
Scott A Jackson
Chris G Jacob
  • Fonction : Auteur
Julia Jeans
  • Fonction : Auteur
Kimberly J Johnson
  • Fonction : Auteur
Claire Kamaliddin
Edwin Kamau
Jon Keatley
  • Fonction : Auteur
Theerarat Kochakarn
  • Fonction : Auteur
Drissa S Konate
Abibatou Konaté
  • Fonction : Auteur
Aminatou Kone
  • Fonction : Auteur
Dominic P Kwiatkowski
Myat P Kyaw
  • Fonction : Auteur
Dennis Kyle
Mara Lawniczak
Samuel K Lee
  • Fonction : Auteur
Martha Lemnge
  • Fonction : Auteur
Pharath Lim
  • Fonction : Auteur
Chanthap Lon
  • Fonction : Auteur
Kovana M Loua
Celine I Mandara
  • Fonction : Auteur
Jutta Marfurt
  • Fonction : Auteur
Kevin Marsh
Richard James Maude
  • Fonction : Auteur
Mayfong Mayxay
Oumou Maïga-Ascofaré
  • Fonction : Auteur
Olivo Miotto
Toshihiro Mita
Victor Mobegi
Abdelrahim Osman Mohamed
  • Fonction : Auteur
Olugbenga A Mokuolu
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Jaqui Montgomery
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Collins Misita Morang'A
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Ivo Mueller
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Kathryn Murie
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Paul N Newton
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Thang Ngo Duc
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Thuy Nguyen
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Thuy-Nhien Nguyen
Tuyen Nguyen Thi Kim
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Hong Nguyen Van
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Harald Noedl
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François Nosten
Rintis Noviyanti
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Vincent Ntui-Njock Ntui
Alexis Nzila
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Lynette Isabella Ochola-Oyier
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Harold Ocholla
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Abraham Oduro
Irene Omedo
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Marie A Onyamboko
Jean-Bosco Ouedraogo
Kolapo Oyebola
Wellington Aghoghovwia Oyibo
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Richard Pearson
Norbert Peshu
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Aung P Phyo
Christopher V Plowe
  • Fonction : Auteur
Ric N Price
Sasithon Pukrittayakamee
  • Fonction : Auteur
Huynh Hong Quang
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Milijaona Randrianarivelojosia
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Julian C Rayner
Pascal Ringwald
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Anna Rosanas-Urgell
Eduard Rovira-Vallbona
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Valentin Ruano-Rubio
  • Fonction : Auteur
Lastenia Ruiz
  • Fonction : Auteur
David Saunders
  • Fonction : Auteur
Alex Shayo
Peter Siba
  • Fonction : Auteur
Victoria J Simpson
  • Fonction : Auteur
Mahamadou S Sissoko
  • Fonction : Auteur
Christen Smith
  • Fonction : Auteur
Xin-Zhuan Su
Colin Sutherland
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Shannon Takala-Harrison
  • Fonction : Auteur
Livingstone Tavul
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Ngo Viet Thanh
  • Fonction : Auteur
Vandana Thathy
  • Fonction : Auteur
Aung Myint Thu
  • Fonction : Auteur
Mahamoudou Toure
  • Fonction : Auteur
Antoinette Tshefu
  • Fonction : Auteur
Federica Verra
  • Fonction : Auteur
Joseph Vinetz
Thomas E Wellems
Jason Wendler
  • Fonction : Auteur
Nicholas J White
  • Fonction : Auteur
Georgia Whitton
  • Fonction : Auteur
William Yavo
  • Fonction : Auteur
Rob W van der Pluijm
  • Fonction : Auteur

Résumé

We describe the MalariaGEN Pf7 data resource, the seventh release of Plasmodium falciparum genome variation data from the MalariaGEN network. It comprises over 20,000 samples from 82 partner studies in 33 countries, including several malaria endemic regions that were previously underrepresented. For the first time we include dried blood spot samples that were sequenced after selective whole genome amplification, necessitating new methods to genotype copy number variations. We identify a large number of newly emerging crt mutations in parts of Southeast Asia, and show examples of heterogeneities in patterns of drug resistance within Africa and within the Indian subcontinent. We describe the profile of variations in the C-terminal of the csp gene and relate this to the sequence used in the RTS,S and R21 malaria vaccines. Pf7 provides high-quality data on genotype calls for 6 million SNPs and short indels, analysis of large deletions that cause failure of rapid diagnostic tests, and systematic characterisation of six major drug resistance loci, all of which can be freely downloaded from the MalariaGEN website.
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hal-04110334 , version 1 (30-05-2023)

Licence

Paternité

Identifiants

Citer

Muzamil Mahdi Abdel Hamid, Mohamed Hassan Abdelraheem, Desmond Omane Acheampong, Ambroise Ahouidi, Mozam Ali, et al.. Pf7: an open dataset of Plasmodium falciparum genome variation in 20,000 worldwide samples. Wellcome Open Research, 2023, 8, pp.22. ⟨10.12688/wellcomeopenres.18681.1⟩. ⟨hal-04110334⟩
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