Pf7: an open dataset of Plasmodium falciparum genome variation in 20,000 worldwide samples
Muzamil Mahdi Abdel Hamid
(1)
,
Mohamed Hassan Abdelraheem
(1)
,
Desmond Omane Acheampong
(2)
,
Ambroise Ahouidi
(3)
,
Mozam Ali
(4)
,
Jacob Almagro-Garcia
(4)
,
Alfred Amambua-Ngwa
(4, 5)
,
Chanaki Amaratunga
(6)
,
Lucas Amenga-Etego
(7, 8)
,
Ben Andagalu
(9)
,
Tim Anderson
(10)
,
Voahangy Andrianaranjaka
(11)
,
Ifeyinwa Aniebo
,
Enoch Aninagyei
,
Felix Ansah
(7)
,
Patrick O Ansah
(8)
,
Tobias Apinjoh
(12)
,
Paulo Arnaldo
(13)
,
Elizabeth Ashley
(14, 15)
,
Sarah Auburn
(16, 17)
,
Gordon A Awandare
(7)
,
Hampate Ba
,
Vito Baraka
,
Alyssa Barry
,
Philip Bejon
,
Gwladys I Bertin
(18)
,
Maciej F Boni
,
Steffen Borrmann
,
Teun Bousema
,
Marielle Bouyou-Akotet
,
Oralee Branch
,
Peter C Bull
,
Huch Cheah
,
Keobouphaphone Chindavongsa
,
Thanat Chookajorn
,
Kesinee Chotivanich
,
Antoine Claessens
(19, 20)
,
David J Conway
,
Vladimir Corredor
,
Erin Courtier
,
Alister Craig
,
Umberto d'Alessandro
,
Souleymane Dama
,
Nicholas Day
,
Brigitte Denis
,
Mehul Dhorda
,
Mahamadou Diakite
,
Abdoulaye Djimde
,
Christiane Dolecek
,
Arjen Dondorp
,
Seydou Doumbia
,
Chris Drakeley
,
Eleanor Drury
,
Patrick Duffy
,
Diego F Echeverry
,
Thomas G Egwang
,
Sonia Maria Mauricio Enosse
,
Berhanu Erko
,
Rick M Fairhurst
,
Abdul Faiz
,
Caterina A Fanello
,
Mark Fleharty
,
Matthew Forbes
,
Mark Fukuda
,
Dionicia Gamboa
,
Anita Ghansah
,
Lemu Golassa
,
Sonia Goncalves
,
G Harrison
,
Sara Anne Healy
,
Jason A Hendry
,
Anastasia Hernandez-Koutoucheva
,
Tran Tinh Hien
,
Catherine A Hill
,
Francis Hombhanje
,
Amanda Hott
,
Ye Htut
,
Mazza Hussein
,
Mallika Imwong
,
Deus Ishengoma
,
Scott A Jackson
,
Chris G Jacob
,
Julia Jeans
,
Kimberly J Johnson
,
Claire Kamaliddin
,
Edwin Kamau
,
Jon Keatley
,
Theerarat Kochakarn
,
Drissa S Konate
,
Abibatou Konaté
,
Aminatou Kone
,
Dominic P Kwiatkowski
,
Myat P Kyaw
,
Dennis Kyle
,
Mara Lawniczak
,
Samuel K Lee
,
Martha Lemnge
,
Pharath Lim
,
Chanthap Lon
,
Kovana M Loua
,
Celine I Mandara
,
Jutta Marfurt
,
Kevin Marsh
,
Richard James Maude
,
Mayfong Mayxay
,
Oumou Maïga-Ascofaré
,
Olivo Miotto
,
Toshihiro Mita
,
Victor Mobegi
,
Abdelrahim Osman Mohamed
,
Olugbenga A Mokuolu
,
Jaqui Montgomery
,
Collins Misita Morang'A
,
Ivo Mueller
,
Kathryn Murie
,
Paul N Newton
,
Thang Ngo Duc
,
Thuy Nguyen
,
Thuy-Nhien Nguyen
,
Tuyen Nguyen Thi Kim
,
Hong Nguyen Van
,
Harald Noedl
,
François Nosten
,
Rintis Noviyanti
,
Vincent Ntui-Njock Ntui
,
Alexis Nzila
,
Lynette Isabella Ochola-Oyier
,
Harold Ocholla
,
Abraham Oduro
,
Irene Omedo
,
Marie A Onyamboko
,
Jean-Bosco Ouedraogo
,
Kolapo Oyebola
,
Wellington Aghoghovwia Oyibo
,
Richard Pearson
,
Norbert Peshu
,
Aung P Phyo
,
Christopher V Plowe
,
Ric N Price
,
Sasithon Pukrittayakamee
,
Huynh Hong Quang
,
Milijaona Randrianarivelojosia
,
Julian C Rayner
,
Pascal Ringwald
,
Anna Rosanas-Urgell
,
Eduard Rovira-Vallbona
,
Valentin Ruano-Rubio
,
Lastenia Ruiz
,
David Saunders
,
Alex Shayo
,
Peter Siba
,
Victoria J Simpson
,
Mahamadou S Sissoko
,
Christen Smith
,
Xin-Zhuan Su
,
Colin Sutherland
,
Shannon Takala-Harrison
,
Arthur Talman
(20)
,
Livingstone Tavul
,
Ngo Viet Thanh
,
Vandana Thathy
,
Aung Myint Thu
,
Mahamoudou Toure
,
Antoinette Tshefu
,
Federica Verra
,
Joseph Vinetz
,
Thomas E Wellems
,
Jason Wendler
,
Nicholas J White
,
Georgia Whitton
,
William Yavo
,
Rob W van der Pluijm
1
University of Khartoum
2 University of Cape Coast [Ghana]
3 UCAD - Université Cheikh Anta Diop de Dakar [Sénégal]
4 The Wellcome Trust Sanger Institute [Cambridge]
5 London School of Hygiene and Tropical Medicine [Fajara, Gambia]
6 NIAID-NIH - National Institute of Allergy and Infectious Diseases [Bethesda]
7 WACCBIP - West African Centre for Cell Biology of Infectious Pathogens [Legon, Ghana]
8 NHRC - Navrongo Health Research Centre [Navrongo, Ghana]
9 KEMRI - Kenya Medical Research Institute
10 Texas Biomedical Research Institute [San Antonio, TX]
11 Université d'Antananarivo
12 University of Buéa
13 INS - Instituto Nacional de Saude [Maputo, Mozambique]
14 Centre for Tropical Medicine and Global Health [Oxford, UK]
15 MORU - Mahidol Oxford Tropical Medicine Research Unit
16 Menzies School of Health Research [Australia]
17 Nuffield Department of Clinical Medicine [Oxford]
18 IRD - Institut de Recherche pour le Développement
19 LPHI - Laboratory of Pathogen and Host Immunity [Montpellier]
20 MIVEGEC - Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle
2 University of Cape Coast [Ghana]
3 UCAD - Université Cheikh Anta Diop de Dakar [Sénégal]
4 The Wellcome Trust Sanger Institute [Cambridge]
5 London School of Hygiene and Tropical Medicine [Fajara, Gambia]
6 NIAID-NIH - National Institute of Allergy and Infectious Diseases [Bethesda]
7 WACCBIP - West African Centre for Cell Biology of Infectious Pathogens [Legon, Ghana]
8 NHRC - Navrongo Health Research Centre [Navrongo, Ghana]
9 KEMRI - Kenya Medical Research Institute
10 Texas Biomedical Research Institute [San Antonio, TX]
11 Université d'Antananarivo
12 University of Buéa
13 INS - Instituto Nacional de Saude [Maputo, Mozambique]
14 Centre for Tropical Medicine and Global Health [Oxford, UK]
15 MORU - Mahidol Oxford Tropical Medicine Research Unit
16 Menzies School of Health Research [Australia]
17 Nuffield Department of Clinical Medicine [Oxford]
18 IRD - Institut de Recherche pour le Développement
19 LPHI - Laboratory of Pathogen and Host Immunity [Montpellier]
20 MIVEGEC - Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle
Lucas Amenga-Etego
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1257881
- ORCID : 0000-0003-4468-0506
Tim Anderson
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1257882
- ORCID : 0000-0002-0191-0204
Ifeyinwa Aniebo
- Fonction : Auteur
Enoch Aninagyei
- Fonction : Auteur
Patrick O Ansah
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1257883
- ORCID : 0000-0002-3214-5621
Elizabeth Ashley
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1257884
- ORCID : 0000-0002-7620-4822
Hampate Ba
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1257885
- ORCID : 0000-0002-9299-5775
Vito Baraka
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1257886
- ORCID : 0000-0001-9694-9293
Alyssa Barry
- Fonction : Auteur
Philip Bejon
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1254125
- ORCID : 0000-0002-2135-7549
Gwladys I Bertin
- Fonction : Auteur
- PersonId : 975734
- IdHAL : gbertin
Maciej F Boni
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1257887
- ORCID : 0000-0002-0830-9630
Steffen Borrmann
- Fonction : Auteur
Teun Bousema
- Fonction : Auteur
- PersonId : 804820
- ORCID : 0000-0003-2666-094X
Marielle Bouyou-Akotet
- Fonction : Auteur
Oralee Branch
- Fonction : Auteur
Peter C Bull
- Fonction : Auteur
Huch Cheah
- Fonction : Auteur
Keobouphaphone Chindavongsa
- Fonction : Auteur
Thanat Chookajorn
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1257888
- ORCID : 0000-0003-2876-6203
Kesinee Chotivanich
- Fonction : Auteur
Antoine Claessens
- Fonction : Auteur
- PersonId : 172386
- IdHAL : antoine-claessens
- ORCID : 0000-0002-4277-0914
- IdRef : 177113758
David J Conway
- Fonction : Auteur
- PersonId : 792374
- ORCID : 0000-0002-8711-3037
Vladimir Corredor
- Fonction : Auteur
Erin Courtier
- Fonction : Auteur
Alister Craig
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1257889
- ORCID : 0000-0003-0914-6164
Umberto d'Alessandro
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1257890
- ORCID : 0000-0001-6341-5009
Souleymane Dama
- Fonction : Auteur
Nicholas Day
- Fonction : Auteur
- PersonId : 796732
- ORCID : 0000-0003-2309-1171
Brigitte Denis
- Fonction : Auteur
Mehul Dhorda
- Fonction : Auteur
Mahamadou Diakite
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1257891
- ORCID : 0000-0002-4268-8857
Abdoulaye Djimde
- Fonction : Auteur
- PersonId : 802981
- ORCID : 0000-0003-0062-2283
Christiane Dolecek
- Fonction : Auteur
Arjen Dondorp
- Fonction : Auteur
- PersonId : 795244
- ORCID : 0000-0001-5190-2395
Seydou Doumbia
- Fonction : Auteur
Chris Drakeley
- Fonction : Auteur
- PersonId : 784446
- ORCID : 0000-0003-4863-075X
Eleanor Drury
- Fonction : Auteur
Patrick Duffy
- Fonction : Auteur
Diego F Echeverry
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1257892
- ORCID : 0000-0003-0301-4478
Thomas G Egwang
- Fonction : Auteur
Sonia Maria Mauricio Enosse
- Fonction : Auteur
Berhanu Erko
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1257893
- ORCID : 0000-0003-1685-752X
Rick M Fairhurst
- Fonction : Auteur
Abdul Faiz
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1257894
- ORCID : 0000-0002-3460-7535
Caterina A Fanello
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1257895
- ORCID : 0000-0003-1932-9562
Mark Fleharty
- Fonction : Auteur
Matthew Forbes
- Fonction : Auteur
Mark Fukuda
- Fonction : Auteur
Dionicia Gamboa
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1257896
- ORCID : 0000-0002-1420-7729
Anita Ghansah
- Fonction : Auteur
Lemu Golassa
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1257897
- ORCID : 0000-0002-1216-8711
Sonia Goncalves
- Fonction : Auteur
G Harrison
- Fonction : Auteur
Sara Anne Healy
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1257898
- ORCID : 0000-0003-3078-6094
Jason A Hendry
- Fonction : Auteur
Anastasia Hernandez-Koutoucheva
- Fonction : Auteur
Tran Tinh Hien
- Fonction : Auteur
Catherine A Hill
- Fonction : Auteur
Francis Hombhanje
- Fonction : Auteur
Amanda Hott
- Fonction : Auteur
Ye Htut
- Fonction : Auteur
Mazza Hussein
- Fonction : Auteur
Mallika Imwong
- Fonction : Auteur
Deus Ishengoma
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1257899
- ORCID : 0000-0003-2040-3416
Scott A Jackson
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1177099
- ORCID : 0000-0002-3172-1607
Chris G Jacob
- Fonction : Auteur
Julia Jeans
- Fonction : Auteur
Kimberly J Johnson
- Fonction : Auteur
Claire Kamaliddin
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1257900
- ORCID : 0000-0001-8198-6235
Edwin Kamau
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1257901
- ORCID : 0000-0002-5761-7883
Jon Keatley
- Fonction : Auteur
Theerarat Kochakarn
- Fonction : Auteur
Drissa S Konate
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1257902
- ORCID : 0000-0002-4177-9642
Abibatou Konaté
- Fonction : Auteur
Aminatou Kone
- Fonction : Auteur
Dominic P Kwiatkowski
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1257903
- ORCID : 0000-0002-5023-0176
Myat P Kyaw
- Fonction : Auteur
Dennis Kyle
- Fonction : Auteur
- PersonId : 818926
- ORCID : 0000-0002-0238-965X
Mara Lawniczak
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1188604
- ORCID : 0000-0002-3006-2080
Samuel K Lee
- Fonction : Auteur
Martha Lemnge
- Fonction : Auteur
Pharath Lim
- Fonction : Auteur
Chanthap Lon
- Fonction : Auteur
Kovana M Loua
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1257904
- ORCID : 0000-0003-0571-0944
Celine I Mandara
- Fonction : Auteur
Jutta Marfurt
- Fonction : Auteur
Kevin Marsh
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1257905
- ORCID : 0000-0001-8377-5466
Richard James Maude
- Fonction : Auteur
Mayfong Mayxay
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1257906
- ORCID : 0000-0002-6056-4516
Oumou Maïga-Ascofaré
- Fonction : Auteur
Olivo Miotto
- Fonction : Auteur
- PersonId : 770355
- ORCID : 0000-0001-8060-6771
Toshihiro Mita
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1257907
- ORCID : 0000-0001-8180-2344
Victor Mobegi
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1257908
- ORCID : 0000-0002-1962-5583
Abdelrahim Osman Mohamed
- Fonction : Auteur
Olugbenga A Mokuolu
- Fonction : Auteur
Jaqui Montgomery
- Fonction : Auteur
Collins Misita Morang'A
- Fonction : Auteur
Ivo Mueller
- Fonction : Auteur
Kathryn Murie
- Fonction : Auteur
Paul N Newton
- Fonction : Auteur
Thang Ngo Duc
- Fonction : Auteur
Thuy Nguyen
- Fonction : Auteur
Thuy-Nhien Nguyen
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1257909
- ORCID : 0000-0002-4101-5706
Tuyen Nguyen Thi Kim
- Fonction : Auteur
Hong Nguyen Van
- Fonction : Auteur
Harald Noedl
- Fonction : Auteur
François Nosten
- Fonction : Auteur
- PersonId : 768753
- ORCID : 0000-0002-7951-0745
- IdRef : 084012633
Rintis Noviyanti
- Fonction : Auteur
Vincent Ntui-Njock Ntui
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1257910
- ORCID : 0000-0002-7532-9930
Alexis Nzila
- Fonction : Auteur
Lynette Isabella Ochola-Oyier
- Fonction : Auteur
Harold Ocholla
- Fonction : Auteur
Abraham Oduro
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1257911
- ORCID : 0000-0002-4191-7419
Irene Omedo
- Fonction : Auteur
Marie A Onyamboko
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1257912
- ORCID : 0000-0002-7501-5931
Jean-Bosco Ouedraogo
- Fonction : Auteur
- PersonId : 776962
- ORCID : 0000-0003-0412-8733
- IdRef : 166738905
Kolapo Oyebola
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1257913
- ORCID : 0000-0002-1003-2570
Wellington Aghoghovwia Oyibo
- Fonction : Auteur
Richard Pearson
- Fonction : Auteur
- PersonId : 793847
- ORCID : 0000-0002-7386-3566
Norbert Peshu
- Fonction : Auteur
Aung P Phyo
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1257914
- ORCID : 0000-0002-0383-9624
Christopher V Plowe
- Fonction : Auteur
Ric N Price
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1257915
- ORCID : 0000-0003-2000-2874
Sasithon Pukrittayakamee
- Fonction : Auteur
Huynh Hong Quang
- Fonction : Auteur
Milijaona Randrianarivelojosia
- Fonction : Auteur
Julian C Rayner
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1257916
- ORCID : 0000-0002-9835-1014
Pascal Ringwald
- Fonction : Auteur
Anna Rosanas-Urgell
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1257917
- ORCID : 0000-0002-0432-5203
Eduard Rovira-Vallbona
- Fonction : Auteur
Valentin Ruano-Rubio
- Fonction : Auteur
Lastenia Ruiz
- Fonction : Auteur
David Saunders
- Fonction : Auteur
Alex Shayo
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1257918
- ORCID : 0000-0002-7099-8537
Peter Siba
- Fonction : Auteur
Victoria J Simpson
- Fonction : Auteur
Mahamadou S Sissoko
- Fonction : Auteur
Christen Smith
- Fonction : Auteur
Xin-Zhuan Su
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1257919
- ORCID : 0000-0003-3246-3248
Colin Sutherland
- Fonction : Auteur
Shannon Takala-Harrison
- Fonction : Auteur
Livingstone Tavul
- Fonction : Auteur
Ngo Viet Thanh
- Fonction : Auteur
Vandana Thathy
- Fonction : Auteur
Aung Myint Thu
- Fonction : Auteur
Mahamoudou Toure
- Fonction : Auteur
Antoinette Tshefu
- Fonction : Auteur
Federica Verra
- Fonction : Auteur
Joseph Vinetz
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1257920
- ORCID : 0000-0001-8344-2004
Thomas E Wellems
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1257921
- ORCID : 0000-0003-3899-8454
Jason Wendler
- Fonction : Auteur
Nicholas J White
- Fonction : Auteur
Georgia Whitton
- Fonction : Auteur
William Yavo
- Fonction : Auteur
Rob W van der Pluijm
- Fonction : Auteur
Résumé
We describe the MalariaGEN Pf7 data resource, the seventh release of Plasmodium falciparum genome variation data from the MalariaGEN network. It comprises over 20,000 samples from 82 partner studies in 33 countries, including several malaria endemic regions that were previously underrepresented. For the first time we include dried blood spot samples that were sequenced after selective whole genome amplification, necessitating new methods to genotype copy number variations. We identify a large number of newly emerging crt mutations in parts of Southeast Asia, and show examples of heterogeneities in patterns of drug resistance within Africa and within the Indian subcontinent. We describe the profile of variations in the C-terminal of the csp gene and relate this to the sequence used in the RTS,S and R21 malaria vaccines. Pf7 provides high-quality data on genotype calls for 6 million SNPs and short indels, analysis of large deletions that cause failure of rapid diagnostic tests, and systematic characterisation of six major drug resistance loci, all of which can be freely downloaded from the MalariaGEN website.
Origine | Fichiers éditeurs autorisés sur une archive ouverte |
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Licence |