FIRE: predicting the spatial proximity of protein residues from 3D NOESY-HSQC - Université de Montpellier Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue Theoretical Chemistry Accounts: Theory, Computation, and Modeling Année : 2001

FIRE: predicting the spatial proximity of protein residues from 3D NOESY-HSQC

Résumé

Nous abordons le problème de la prédiction de la proximité spatiale des résidus dans une protéine, à travers le traitement automatique d'un N-15 NOESY-HSQC 3D. La distance spatiale entre les résidus est estimée à partir d'une valeur de correspondance spectrale calculée en utilisant une comparaison des résonances impliquant les hydrogènes d'amide. Il est montré que la méthode fournit une bonne estimation d'un grand nombre de proximités spatiales de résidus, dans le cas de deux spectres 3D expérimentaux, enregistrés sur des protéines de structures secondaires ct et bêta. Il est testé sur des ensembles de données simulées par rapport à la taille de la protéine, la structure secondaire et la qualité du signal. Plus de 70 % de l'affectation séquentielle est correctement prédite, et la prédiction est meilleure pour la structure secondaire ct que pour la structure bêta. Les corrélations à moyen et long terme semblent également bien prédites pour toutes les structures secondaires. L'efficacité de la méthode est comparée à une approche de corrélation spectrale précédemment proposée.

Dates et versions

hal-03472378 , version 1 (09-12-2021)

Identifiants

Citer

T. Malliavin, Philippe Barthe, M. Delsuc. FIRE: predicting the spatial proximity of protein residues from 3D NOESY-HSQC. Theoretical Chemistry Accounts: Theory, Computation, and Modeling, 2001, 106 (1-2), pp.91-97. ⟨10.1007/s002140000217⟩. ⟨hal-03472378⟩
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