L'interaction entre les microbiotes bactérien et viral de l'intestin est considérée comme importante pour la santé humaine. Si les fluctuations du microbiote bactérien du tractus génital féminin (TGF) déterminent également la santé sexuelle, on sait peu de choses sur la présence, la persistance et la fonction des bactériophages vaginaux. Nous avons réalisé un séquençage shotgun du métagénome d'échantillons cervicovaginaux d'adolescentes sud-africaines collectés de manière longitudinale, qui n'ont reçu aucun antibiotique. Nous avons annoté les lectures virales et les bactériophages circulaires, identifié les loci CRISPR et les prophages putatifs, et évalué leur diversité, leur persistance et leurs associations avec la composition du microbiote bactérien. La famille de bactériophages Siphoviridae était la plus répandue, suivie par Myoviridae, Podoviridae, Herelleviridae, et Inoviridae. Des siphovirus complets ciblant les bactéries associées à la vaginose bactérienne (VB) ont été identifiés, ce qui suggère leur présence in vivo. Les loci CRISPR et les éléments de type prophage sont communs, et l'analyse génomique suggère une plus grande diversité parmi les prophages de Gardnerella que de Lactobacillus. Nous avons constaté que certains prophages étaient très persistants chez les participantes, et que des prophages identiques étaient présents dans les sécrétions cervicovaginales de plusieurs participants, ce qui suggère que les prophages, et donc les souches bactériennes, sont partagés entre les adolescentes. Le nombre de loci CRISPR et de prophages était associé à la stabilité du microbiote vaginal et à l'absence de VB. Notre analyse suggère que les (pro)phages sont communs dans la TGF et que les bactéries vaginales et les (pro)phages peuvent interagir.