An open dataset of Plasmodium falciparum genome variation in 7,000 worldwide samples - Archive ouverte HAL Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue Wellcome Open Research Année : 2021

An open dataset of Plasmodium falciparum genome variation in 7,000 worldwide samples

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Ambroise Ahouidi
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Mozam Ali
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Jacob Almagro-Garcia
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Alfred Amambua-Ngwa
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Chanaki Amaratunga
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Roberto Amato
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Lucas Amenga-Etego
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Ben Andagalu
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Tim Anderson
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Voahangy Andrianaranjaka
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Tobias Apinjoh
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Cristina Ariani
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Elizabeth Ashley
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Sarah Auburn
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Gordon Awandare
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Hampate Ba
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Vito Baraka
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Alyssa Barry
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Philip Bejon
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Gwladys Bertin
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Steffen Borrmann
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George Busby
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Thanat Chookajorn
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Umberto d'Alessandro
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Souleymane Dama
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Nicholas Pj Day
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Brigitte Denis
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Mahamadou Diakite
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Abdoulaye Djimdé
Christiane Dolecek
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Eleanor Drury
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Patrick Duffy
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Diego Echeverry
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Abdul Faiz
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Caterina Fanello
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Tran Tinh Hien
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Dominic Kwiatkowski
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Pharath Lim
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Chanthap Lon
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Kovana Loua
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Cinzia Malangone
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Jutta Marfurt
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Mayfong Mayxay
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Victor Mobegi
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Olugbenga Mokuolu
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Paul Newton
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Thuy Nguyen
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Thuy-Nhien Nguyen
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Harald Noedl
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Francois Nosten
Rintis Noviyanti
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Alexis Nzila
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Lynette Ochola-Oyier
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Harold Ocholla
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Aung Pyae Phyo
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Victoria Simpson
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Jim Stalker
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Xin-Zhuan Su
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Colin Sutherland
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Shannon Takala-Harrison
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Livingstone Tavul
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Vandana Thathy
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Antoinette Tshefu
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Federica Verra
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Joseph Vinetz
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Thomas Wellems
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Jason Wendler
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Nicholas White
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Ian Wright
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William Yavo
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Htut Ye
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Résumé

MalariaGEN is a data-sharing network that enables groups around the world to work together on the genomic epidemiology of malaria. Here we describe a new release of curated genome variation data on 7,000 Plasmodium falciparum samples from MalariaGEN partner studies in 28 malaria-endemic countries. High-quality genotype calls on 3 million single nucleotide polymorphisms (SNPs) and short indels were produced using a standardised analysis pipeline. Copy number variants associated with drug resistance and structural variants that cause failure of rapid diagnostic tests were also analysed. Almost all samples showed genetic evidence of resistance to at least one antimalarial drug, and some samples from Southeast Asia carried markers of resistance to six commonly-used drugs. Genes expressed during the mosquito stage of the parasite life-cycle are prominent among loci that show strong geographic differentiation. By continuing to enlarge this open data resource we aim to facilitate research into the evolutionary processes affecting malaria control and to accelerate development of the surveillance toolkit required for malaria elimination.

Dates et versions

hal-03228653 , version 1 (18-05-2021)

Identifiants

Citer

Ambroise Ahouidi, Mozam Ali, Jacob Almagro-Garcia, Alfred Amambua-Ngwa, Chanaki Amaratunga, et al.. An open dataset of Plasmodium falciparum genome variation in 7,000 worldwide samples. Wellcome Open Research, 2021, 6, pp.42. ⟨10.12688/wellcomeopenres.16168.1⟩. ⟨hal-03228653⟩
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