An open dataset of Plasmodium falciparum genome variation in 7,000 worldwide samples
Ambroise Ahouidi
,
Mozam Ali
,
Jacob Almagro-Garcia
,
Alfred Amambua-Ngwa
,
Chanaki Amaratunga
,
Roberto Amato
,
Lucas Amenga-Etego
,
Ben Andagalu
,
Tim Anderson
,
Voahangy Andrianaranjaka
,
Tobias Apinjoh
,
Cristina Ariani
,
Elizabeth Ashley
,
Sarah Auburn
,
Gordon Awandare
,
Hampate Ba
,
Vito Baraka
,
Alyssa Barry
,
Philip Bejon
,
Gwladys Bertin
,
Maciej Boni
,
Steffen Borrmann
,
Teun Bousema
,
Oralee Branch
,
Peter Bull
,
George Busby
,
Thanat Chookajorn
,
Kesinee Chotivanich
,
Antoine Claessens
(1)
,
David Conway
,
Alister Craig
,
Umberto d'Alessandro
,
Souleymane Dama
,
Nicholas Pj Day
,
Brigitte Denis
,
Mahamadou Diakite
,
Abdoulaye Djimdé
,
Christiane Dolecek
,
Arjen Dondorp
,
Chris Drakeley
,
Eleanor Drury
,
Patrick Duffy
,
Diego Echeverry
,
Thomas Egwang
,
Berhanu Erko
,
Rick Fairhurst
,
Abdul Faiz
,
Caterina Fanello
,
Mark Fukuda
,
Dionicia Gamboa
,
Anita Ghansah
,
Lemu Golassa
,
Sonia Goncalves
,
William Hamilton
,
G. Harrison
,
Lee Hart
,
Christa Henrichs
,
Tran Tinh Hien
,
Catherine Hill
,
Abraham Hodgson
,
Christina Hubbart
,
Mallika Imwong
,
Deus Ishengoma
,
Scott Jackson
,
Chris Jacob
,
Ben Jeffery
,
Anna Jeffreys
,
Kimberly Johnson
,
Dushyanth Jyothi
,
Claire Kamaliddin
,
Edwin Kamau
,
Mihir Kekre
,
Krzysztof Kluczynski
,
Theerarat Kochakarn
,
Abibatou Konaté
,
Dominic Kwiatkowski
,
Myat Phone Kyaw
,
Pharath Lim
,
Chanthap Lon
,
Kovana Loua
,
Oumou Maïga-Ascofaré
,
Cinzia Malangone
,
Magnus Manske
,
Jutta Marfurt
,
Kevin Marsh
,
Mayfong Mayxay
,
Alistair Miles
,
Olivo Miotto
,
Victor Mobegi
,
Olugbenga Mokuolu
,
Jacqui Montgomery
,
Ivo Mueller
,
Paul Newton
,
Thuy Nguyen
,
Thuy-Nhien Nguyen
,
Harald Noedl
,
Francois Nosten
,
Rintis Noviyanti
,
Alexis Nzila
,
Lynette Ochola-Oyier
,
Harold Ocholla
,
Abraham Oduro
,
Irene Omedo
,
Marie Onyamboko
,
Jean-Bosco Ouedraogo
,
Kolapo Oyebola
,
Richard Pearson
,
Norbert Peshu
,
Aung Pyae Phyo
,
Chris Plowe
,
Ric Price
,
Sasithon Pukrittayakamee
,
Milijaona Randrianarivelojosia
,
Julian Rayner
,
Pascal Ringwald
,
Kirk Rockett
,
Katherine Rowlands
,
Lastenia Ruiz
,
David Saunders
,
Alex Shayo
,
Peter Siba
,
Victoria Simpson
,
Jim Stalker
,
Xin-Zhuan Su
,
Colin Sutherland
,
Shannon Takala-Harrison
,
Livingstone Tavul
,
Vandana Thathy
,
Antoinette Tshefu
,
Federica Verra
,
Joseph Vinetz
,
Thomas Wellems
,
Jason Wendler
,
Nicholas White
,
Ian Wright
,
William Yavo
,
Htut Ye
Ambroise Ahouidi
- Fonction : Auteur
Mozam Ali
- Fonction : Auteur
Jacob Almagro-Garcia
- Fonction : Auteur
Alfred Amambua-Ngwa
- Fonction : Auteur
Chanaki Amaratunga
- Fonction : Auteur
Roberto Amato
- Fonction : Auteur
Lucas Amenga-Etego
- Fonction : Auteur
Ben Andagalu
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Tim Anderson
- Fonction : Auteur
Voahangy Andrianaranjaka
- Fonction : Auteur
Tobias Apinjoh
- Fonction : Auteur
Cristina Ariani
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Elizabeth Ashley
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Sarah Auburn
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Gordon Awandare
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Hampate Ba
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Vito Baraka
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Alyssa Barry
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Philip Bejon
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Maciej Boni
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Steffen Borrmann
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Teun Bousema
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- PersonId : 804820
- ORCID : 0000-0003-2666-094X
Oralee Branch
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Peter Bull
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George Busby
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Thanat Chookajorn
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Kesinee Chotivanich
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Antoine Claessens
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- IdHAL : antoine-claessens
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David Conway
- Fonction : Auteur
- PersonId : 792374
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Alister Craig
- Fonction : Auteur
Umberto d'Alessandro
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Souleymane Dama
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Nicholas Pj Day
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Brigitte Denis
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Mahamadou Diakite
- Fonction : Auteur
Abdoulaye Djimdé
- Fonction : Auteur
- PersonId : 802981
- ORCID : 0000-0003-0062-2283
Christiane Dolecek
- Fonction : Auteur
Arjen Dondorp
- Fonction : Auteur
Chris Drakeley
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- PersonId : 784446
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Eleanor Drury
- Fonction : Auteur
Patrick Duffy
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Diego Echeverry
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Thomas Egwang
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Berhanu Erko
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Rick Fairhurst
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Abdul Faiz
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Caterina Fanello
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Mark Fukuda
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Dionicia Gamboa
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Anita Ghansah
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Lemu Golassa
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Sonia Goncalves
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William Hamilton
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G. Harrison
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Lee Hart
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Christa Henrichs
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Tran Tinh Hien
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Catherine Hill
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Abraham Hodgson
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Christina Hubbart
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Mallika Imwong
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Deus Ishengoma
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Scott Jackson
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Chris Jacob
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Ben Jeffery
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Anna Jeffreys
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Kimberly Johnson
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Dushyanth Jyothi
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Claire Kamaliddin
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Edwin Kamau
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Mihir Kekre
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Krzysztof Kluczynski
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Theerarat Kochakarn
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Abibatou Konaté
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Dominic Kwiatkowski
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Myat Phone Kyaw
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Pharath Lim
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Chanthap Lon
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Kovana Loua
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Oumou Maïga-Ascofaré
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Cinzia Malangone
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Magnus Manske
- Fonction : Auteur
Jutta Marfurt
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Kevin Marsh
- Fonction : Auteur
Mayfong Mayxay
- Fonction : Auteur
Alistair Miles
- Fonction : Auteur
Olivo Miotto
- Fonction : Auteur
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Victor Mobegi
- Fonction : Auteur
Olugbenga Mokuolu
- Fonction : Auteur
Jacqui Montgomery
- Fonction : Auteur
Ivo Mueller
- Fonction : Auteur
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Paul Newton
- Fonction : Auteur
Thuy Nguyen
- Fonction : Auteur
Thuy-Nhien Nguyen
- Fonction : Auteur
Harald Noedl
- Fonction : Auteur
Francois Nosten
- Fonction : Auteur
- PersonId : 768753
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Rintis Noviyanti
- Fonction : Auteur
Alexis Nzila
- Fonction : Auteur
Lynette Ochola-Oyier
- Fonction : Auteur
Harold Ocholla
- Fonction : Auteur
Abraham Oduro
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Irene Omedo
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Marie Onyamboko
- Fonction : Auteur
Jean-Bosco Ouedraogo
- Fonction : Auteur
Kolapo Oyebola
- Fonction : Auteur
Richard Pearson
- Fonction : Auteur
Norbert Peshu
- Fonction : Auteur
Aung Pyae Phyo
- Fonction : Auteur
Chris Plowe
- Fonction : Auteur
Ric Price
- Fonction : Auteur
Sasithon Pukrittayakamee
- Fonction : Auteur
Milijaona Randrianarivelojosia
- Fonction : Auteur
Julian Rayner
- Fonction : Auteur
Pascal Ringwald
- Fonction : Auteur
Kirk Rockett
- Fonction : Auteur
- PersonId : 802066
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Katherine Rowlands
- Fonction : Auteur
Lastenia Ruiz
- Fonction : Auteur
David Saunders
- Fonction : Auteur
Alex Shayo
- Fonction : Auteur
Peter Siba
- Fonction : Auteur
Victoria Simpson
- Fonction : Auteur
Jim Stalker
- Fonction : Auteur
Xin-Zhuan Su
- Fonction : Auteur
Colin Sutherland
- Fonction : Auteur
Shannon Takala-Harrison
- Fonction : Auteur
Livingstone Tavul
- Fonction : Auteur
Vandana Thathy
- Fonction : Auteur
Antoinette Tshefu
- Fonction : Auteur
Federica Verra
- Fonction : Auteur
Joseph Vinetz
- Fonction : Auteur
Thomas Wellems
- Fonction : Auteur
Jason Wendler
- Fonction : Auteur
Nicholas White
- Fonction : Auteur
Ian Wright
- Fonction : Auteur
William Yavo
- Fonction : Auteur
Htut Ye
- Fonction : Auteur
Résumé
MalariaGEN is a data-sharing network that enables groups around the world to work together on the genomic epidemiology of malaria. Here we describe a new release of curated genome variation data on 7,000 Plasmodium falciparum samples from MalariaGEN partner studies in 28 malaria-endemic countries. High-quality genotype calls on 3 million single nucleotide polymorphisms (SNPs) and short indels were produced using a standardised analysis pipeline. Copy number variants associated with drug resistance and structural variants that cause failure of rapid diagnostic tests were also analysed. Almost all samples showed genetic evidence of resistance to at least one antimalarial drug, and some samples from Southeast Asia carried markers of resistance to six commonly-used drugs. Genes expressed during the mosquito stage of the parasite life-cycle are prominent among loci that show strong geographic differentiation. By continuing to enlarge this open data resource we aim to facilitate research into the evolutionary processes affecting malaria control and to accelerate development of the surveillance toolkit required for malaria elimination.