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Likelihood computation and inference of demographic and mutational parameters from population genetic data under coalescent approximations

Résumé : Diverses approches ont été développées pour l'inférence des taux de migration et des changements démo-graphiques passés à partir de la variation génétique des populations. Nous décrivons une de ces approches utilisant des techniques d'échantillonnage pondéré séquentiel, fondées sur la modélisation par approches de coalescence et de diffusion de l'évolution de ces polymorphismes. L'application et l'évaluation systématique de cette approche ont requis la ré-implémentation de méthodes souvent considérées pour l'analyse de fonctions simulées, en particulier le krigeage, ici utilisé pour inférer une surface de vraisemblance à partir de vraisemblances estimées en différents points de l'espace des paramètres, ainsi que des techniques d'échantillonage de ces points. Nous illustrons la performance et l'application de cette série de méthodes sur données simulées et réelles, et indiquons les améliorations souhaitables en termes de types de données et de scénarios biologiques.
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https://hal.umontpellier.fr/hal-01998088
Contributeur : Francois Rousset <>
Soumis le : mardi 29 janvier 2019 - 14:07:20
Dernière modification le : mardi 2 février 2021 - 03:34:02
Archivage à long terme le : : mardi 30 avril 2019 - 17:18:15

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Francois Rousset, Champak Reddy Beeravolu, Raphaël Leblois. Likelihood computation and inference of demographic and mutational parameters from population genetic data under coalescent approximations. Journal de la Société Française de Statistique, Société Française de Statistique et Société Mathématique de France, 2018, 159 (3), pp.142-166. ⟨hal-01998088⟩

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