Global and regional molecular epidemiology of HIV-1, 1990–2015: a systematic review, global survey, and trend analysis - Université de Montpellier Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue The Lancet Infectious Diseases Année : 2018

Global and regional molecular epidemiology of HIV-1, 1990–2015: a systematic review, global survey, and trend analysis

Joris Hemelaar (1) , Ramyiadarsini Elangovan (1) , Jason Yun (1) , Leslie Dickson-Tetteh (1) , Isabella Fleminger (1) , Shona Kirtley (2) , Brian Williams (3) , Eleanor Williams (4) , Peter D Ghys (4) , Alash'Le Abimiku , Simon Agwale , Chris Archibald , Boaz Avidor , María Gabriela Barbás , Françoise Barré-Sinoussi (5) , Banson Barugahare , El Hadj Belabbes , Silvia Bertagnolio , Deborah Birx , Aleksei Bobkov , James Brandful (6) , Helba Bredell , Catherine Brennan , James Brooks , Marie Bruckova , Luigi Buonaguro , Franco Buonaguro , Stefano Buttò , Anne Buvé (7) , Mary Campbell , Jean Carr , Alex Carr , Manuel Gómez Carr , Connie Celum , Beth Chaplin , Macarthur Charles , Dimitrios Chatzidimitriou , Zhiwei Chen (8) , Katsumi Chijiwa , David Cooper (9) , Philip Cunningham , Anoumou Dagnra , Cillian de Gascun , Julia del Amo , Elena Delgado , Ursula Dietrich (10) , Dominic Dwyer (11) , Dennis Ellenberger , Barbara Ensoli (12) , Max Essex (13) , Feng Gao (14) , Hervé Fleury (15) , Peter Fonjungo , Vincent V. Foulongne (16, 17) , Deepak Gadkari , Fédérico Garcia , Roger Garsia , Guy Michel Gershy-Damet , Judith Glynn , Ruth Goodall , Zehava Grossman , Monick Lindenmeyer-Guimarães , Beatrice Hahn (18) , Raph Hamers , Osamah Hamouda (19) , Ray Handema , Xiang He (20) , Joshua He , David Ho (21) , Africa Ho , Mina Ho , Gillian Hunt , Masahiko Ito , Mohamed Ali Bel Hadj Kacem , Erin Kahle , Pontiano Kaleebu Kaleebu , Marcia Kalish , Adeeba Kamarulzaman , Chun Kang , Phyllis Kanki , Edward Karamov , Jean Karasi , Kayitesi Kayitenkore , Tony Kelleher , Dwip Kitayaporn , Leondios Kostrikis , Claudia Kucherer , Claudia Lara , Thomas Leitner , Kirsi Liitsola , Jai Lingappa , Marek Linka , Ivette Lorenzana de Rivera , Vladimir Lukashov , Shlomo Maayan , Luzia Mayr (22) , Francine Mccutchan , Nicolas Meda (23) , Elisabeth Menu (5) , Fred Mhalu , Doreen Mloka , John Mokili , Brigitte Montes (24) , Orna Mor , Mariza Mor , Fausta Mosha , Awatef Moussi , James I. Mullins (25) , Rafael Najera , Mejda Nasr , Nicaise Ndembi , Joel Neilson , Vivek Nerurkar , Florian Neuhann , Claudine Nolte , Vlad Novitsky , Philip Nyambi , Marianna Ofner , Fem Paladin , Anna Papa (26) , Jean Pape , Neil Parkin , Chris Parry , Martine Peeters (27) , Alex Pelletier , Lucía Pérez-Álvarez , Deenan K Pillay (28) , Angie Pinto , Trinh Duy Quang , Cecilia Rademeyer , Filimone Raikanikoda , Ray Rayfield , Jean Reynes , Tobias Rinke de Wit , Kenneth Robbins , Morgane Mor , Chris Rousseau , Jesus Salazar-Gonzales , Hanan Salem , Mika Salminen , Horacio Ho , Paul Sandstrom , Mario Santiago , Abdoulaye Sarr (29) , Bryan Schroeder , Michel Segondy (17) , Philip Selhorst , Sylvester Sempala , Jean Servais , Ansari Shaik , Yiming Shao (30) , Amine Slim (31) , Marcelo B. Soares (32) , Elijah Songok , Debbie Stewart , Julie Stokes , Shambavi Subbarao , Ruengpung Sutthent , Jun Takehisa (33) , Amilcar Tanuri , Kok Keng Tee , Kiran Thapa , Michael Thomson , Tyna Tran , Willy Urassa , Hiroshi Ushijima , Philip van de Perre , Guido van Der Groen , Kristel van Laethem , Joep van Oosterhout , Ard van Sighem (34) , Eric van Wijngaerden (35) , Anne Vandamme , Jurgen Vercauteren , Nicole Vidal (27) , Lesley Wallace , Carolyn Williams , Dawit Wolday , Jianqing Xu (36) , Chun Yang (37) , Linqi Zhang (38) , Rong T. Zhang (38)
1 John Radcliffe Hospital [Oxford University Hospital]
2 Centre for Statistics in Medicine
3 Stellenbosch University
4 ONUSIDA - UNAIDS [Genève, Suisse]
5 IP - Institut Pasteur [Paris]
6 NMIMR - Noguchi Memorial Institute for Medical Research [Accra, Ghana]
7 ITM - Institute of Tropical Medicine [Antwerp]
8 State Key Laboratory of Silkworm Genome Biology
9 CEA-LETI - Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives - Laboratoire d'Electronique et de Technologie de l'Information
10 Georg-Speyer-Haus
11 The University of Sydney
12 National AIDS Centre
13 Harvard School of Public Health
14 DERI-NUIG - Digital Enterprise Research Institute
15 MFP - Microbiologie Fondamentale et Pathogénicité
16 Laboratoire de Virologie
17 Pathogénèse et contrôle des infections chroniques (PCCI)
18 Departments of Medicine and Microbiology
19 RKI - Robert Koch Institute [Berlin]
20 BUAA - Beihang University
21 Statens Serum Institut [Copenhagen]
22 Immuno-Rhumatologie Moléculaire
23 SANTE/SIDA [Bobo-Dioulasso, Burkina Faso]
24 CHRU Montpellier - Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier]
25 Department of Microbiology
26 Department of Microbiology, Medical School
27 TransVIHMI - Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques et émergentes
28 Africa Centre for Health and Population Studies
29 Lab-STICC_UBO_CID_IHSEV
30 State Key Laboratory of Infectious Disease Prevention and Control
31 Laboratory of Virology
32 UFRJ - Universidade Federal do Rio de Janeiro [Brasil] = Federal University of Rio de Janeiro [Brazil] = Université fédérale de Rio de Janeiro [Brésil]
33 Departements of Medicine and Microbiology
34 Stichting HIV Monitoring [Amsterdam]
35 Département Génétique Internal Médecine
36 Department of Chemical and Biomolecular Engineering [Baltimore]
37 CDC - Centers for Disease Control and Prevention [Atlanta]
38 China Academy of Chinese Medical Sciences
Shona Kirtley
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 945067
Alash'Le Abimiku
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Simon Agwale
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Chris Archibald
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Boaz Avidor
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María Gabriela Barbás
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Françoise Barré-Sinoussi
Banson Barugahare
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El Hadj Belabbes
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Silvia Bertagnolio
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Deborah Birx
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Aleksei Bobkov
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Helba Bredell
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Catherine Brennan
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James Brooks
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Marie Bruckova
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Luigi Buonaguro
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Franco Buonaguro
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Stefano Buttò
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Mary Campbell
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Jean Carr
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Alex Carr
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Manuel Gómez Carr
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Connie Celum
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Beth Chaplin
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Macarthur Charles
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Dimitrios Chatzidimitriou
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Katsumi Chijiwa
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Philip Cunningham
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Anoumou Dagnra
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Cillian de Gascun
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Julia del Amo
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Elena Delgado
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Dennis Ellenberger
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Barbara Ensoli
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Feng Gao
Peter Fonjungo
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Deepak Gadkari
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Fédérico Garcia
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Roger Garsia
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Guy Michel Gershy-Damet
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Judith Glynn
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Ruth Goodall
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Monick Lindenmeyer-Guimarães
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Raph Hamers
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Ray Handema
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Joshua He
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Africa Ho
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Mina Ho
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Gillian Hunt
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Masahiko Ito
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Mohamed Ali Bel Hadj Kacem
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Francine Mccutchan
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Nicolas Meda
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Elisabeth Menu
Fred Mhalu
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Doreen Mloka
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John Mokili
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Orna Mor
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Mariza Mor
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Fausta Mosha
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Awatef Moussi
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Rafael Najera
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Mejda Nasr
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Nicaise Ndembi
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Joel Neilson
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Vivek Nerurkar
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Florian Neuhann
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Claudine Nolte
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Vlad Novitsky
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Philip Nyambi
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Marianna Ofner
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Fem Paladin
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Jean Pape
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Neil Parkin
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Chris Parry
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Alex Pelletier
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Lucía Pérez-Álvarez
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Angie Pinto
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Trinh Duy Quang
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Cecilia Rademeyer
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Filimone Raikanikoda
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Ray Rayfield
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Jean Reynes
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Tobias Rinke de Wit
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Kenneth Robbins
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Morgane Mor
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Chris Rousseau
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Jesus Salazar-Gonzales
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Hanan Salem
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Mika Salminen
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Horacio Ho
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Paul Sandstrom
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Mario Santiago
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Abdoulaye Sarr
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  • PersonId : 766765
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Bryan Schroeder
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Philip Selhorst
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Sylvester Sempala
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Jean Servais
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Ansari Shaik
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Elijah Songok
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Debbie Stewart
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Julie Stokes
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Shambavi Subbarao
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Ruengpung Sutthent
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Amilcar Tanuri
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Kok Keng Tee
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Kiran Thapa
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Michael Thomson
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Tyna Tran
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Willy Urassa
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Hiroshi Ushijima
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Philip van de Perre
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Guido van Der Groen
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Kristel van Laethem
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Jurgen Vercauteren
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Lesley Wallace
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Carolyn Williams
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Dawit Wolday
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Rong T. Zhang
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  • PersonId : 833252

Résumé

Global genetic diversity of HIV-1 is a major challenge to the development of HIV vaccines. We aimed to estimate the regional and global distribution of HIV-1 subtypes and recombinants during 1990–2015. We searched PubMed, EMBASE (Ovid), CINAHL (Ebscohost), and Global Health (Ovid) for HIV-1 subtyping studies published between Jan 1, 1990, and Dec 31, 2015. We collected additional unpublished HIV-1 subtyping data through a global survey. We included prevalence studies with HIV-1 subtyping data collected during 1990–2015. We grouped countries into 14 regions and analysed data for four time periods (1990–99, 2000–04, 2005–09, and 2010–15). The distribution of HIV-1 subtypes, circulating recombinant forms (CRFs), and unique recombinant forms (URFs) in individual countries was weighted according to the UNAIDS estimates of the number of people living with HIV (PLHIV) in each country to generate regional and global estimates of HIV-1 diversity in each time period. The primary outcome was the number of samples designated as HIV-1 subtypes A, B, C, D, F, G, H, J, K, CRFs, and URFs. The systematic review is registered with PROSPERO, number CRD42017067164. This systematic review and global survey yielded 2203 datasets with 383 519 samples from 116 countries in 1990–2015. Globally, subtype C accounted for 46·6% (16 280 897/34 921 639 of PLHIV) of all HIV-1 infections in 2010–15. Subtype B was responsible for 12·1% (4 235 299/34 921 639) of infections, followed by subtype A (10·3%; 3 587 003/34 921 639), CRF02_AG (7·7%; 2 705 110/34 921 639), CRF01_AE (5·3%; 1 840 982/34 921 639), subtype G (4·6%; 1 591 276/34 921 639), and subtype D (2·7%; 926 255/34 921 639). Subtypes F, H, J, and K combined accounted for 0·9% (311 332/34 921 639) of infections. Other CRFs accounted for 3·7% (1 309 082/34 921 639), bringing the proportion of all CRFs to 16·7% (5 844 113/34 921 639). URFs constituted 6·1% (2 134 405/34 921 639), resulting in recombinants accounting for 22·8% (7 978 517/34 921 639) of all global HIV-1 infections. The distribution of HIV-1 subtypes and recombinants changed over time in countries, regions, and globally. At a global level during 2005–15, subtype B increased, subtypes A and D were stable, and subtypes C and G and CRF02_AG decreased. CRF01_AE, other CRFs, and URFs increased, leading to a consistent increase in the global proportion of recombinants over time. Global and regional HIV diversity is complex and evolving, and is a major challenge to HIV vaccine development. Surveillance of the global molecular epidemiology of HIV-1 remains crucial for the design, testing, and implementation of HIV vaccines.

Dates et versions

hal-01957321 , version 1 (17-12-2018)

Identifiants

Citer

Joris Hemelaar, Ramyiadarsini Elangovan, Jason Yun, Leslie Dickson-Tetteh, Isabella Fleminger, et al.. Global and regional molecular epidemiology of HIV-1, 1990–2015: a systematic review, global survey, and trend analysis. The Lancet Infectious Diseases, 2018, ⟨10.1016/S1473-3099(18)30647-9⟩. ⟨hal-01957321⟩
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