Global and regional molecular epidemiology of HIV-1, 1990–2015: a systematic review, global survey, and trend analysis - Université de Montpellier Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue The Lancet Infectious Diseases Année : 2018

Global and regional molecular epidemiology of HIV-1, 1990–2015: a systematic review, global survey, and trend analysis

Joris Hemelaar (1) , Ramyiadarsini Elangovan (1) , Jason Yun (1) , Leslie Dickson-Tetteh (1) , Isabella Fleminger (1) , Shona Kirtley (2) , Brian Williams (3) , Eleanor Williams (4) , Peter D Ghys (4) , Alash'Le Abimiku , Simon Agwale , Chris Archibald , Boaz Avidor , María Gabriela Barbás , Françoise Barré-Sinoussi (5) , Banson Barugahare , El Hadj Belabbes , Silvia Bertagnolio , Deborah Birx , Aleksei Bobkov , James Brandful (6) , Helba Bredell , Catherine Brennan , James Brooks , Marie Bruckova , Luigi Buonaguro , Franco Buonaguro , Stefano Buttò , Anne Buvé (7) , Mary Campbell , Jean Carr , Alex Carr , Manuel Gómez Carr , Connie Celum , Beth Chaplin , Macarthur Charles , Dimitrios Chatzidimitriou , Zhiwei Chen (8) , Katsumi Chijiwa , David Cooper (9) , Philip Cunningham , Anoumou Dagnra , Cillian de Gascun , Julia del Amo , Elena Delgado , Ursula Dietrich (10) , Dominic Dwyer (11) , Dennis Ellenberger , Barbara Ensoli (12) , Max Essex (13) , Feng Gao (14) , Hervé Fleury (15) , Peter Fonjungo , Vincent V. Foulongne (16, 17) , Deepak Gadkari , Fédérico Garcia , Roger Garsia , Guy Michel Gershy-Damet , Judith Glynn , Ruth Goodall , Zehava Grossman , Monick Lindenmeyer-Guimarães , Beatrice Hahn (18) , Raph Hamers , Osamah Hamouda (19) , Ray Handema , Xiang He (20) , Joshua He , David Ho (21) , Africa Ho , Mina Ho , Gillian Hunt , Masahiko Ito , Mohamed Ali Bel Hadj Kacem , Erin Kahle , Pontiano Kaleebu Kaleebu , Marcia Kalish , Adeeba Kamarulzaman , Chun Kang , Phyllis Kanki , Edward Karamov , Jean Karasi , Kayitesi Kayitenkore , Tony Kelleher , Dwip Kitayaporn , Leondios Kostrikis , Claudia Kucherer , Claudia Lara , Thomas Leitner , Kirsi Liitsola , Jai Lingappa , Marek Linka , Ivette Lorenzana de Rivera , Vladimir Lukashov , Shlomo Maayan , Luzia Mayr (22) , Francine Mccutchan , Nicolas Meda (23) , Elisabeth Menu (5) , Fred Mhalu , Doreen Mloka , John Mokili , Brigitte Montes (24) , Orna Mor , Mariza Mor , Fausta Mosha , Awatef Moussi , James I. Mullins (25) , Rafael Najera , Mejda Nasr , Nicaise Ndembi , Joel Neilson , Vivek Nerurkar , Florian Neuhann , Claudine Nolte , Vlad Novitsky , Philip Nyambi , Marianna Ofner , Fem Paladin , Anna Papa (26) , Jean Pape , Neil Parkin , Chris Parry , Martine Peeters (27) , Alex Pelletier , Lucía Pérez-Álvarez , Deenan K Pillay (28) , Angie Pinto , Trinh Duy Quang , Cecilia Rademeyer , Filimone Raikanikoda , Ray Rayfield , Jean Reynes , Tobias Rinke de Wit , Kenneth Robbins , Morgane Mor , Chris Rousseau , Jesus Salazar-Gonzales , Hanan Salem , Mika Salminen , Horacio Ho , Paul Sandstrom , Mario Santiago , Abdoulaye Sarr (29) , Bryan Schroeder , Michel Segondy (17) , Philip Selhorst , Sylvester Sempala , Jean Servais , Ansari Shaik , Yiming Shao (30) , Amine Slim (31) , Marcelo B. Soares (32) , Elijah Songok , Debbie Stewart , Julie Stokes , Shambavi Subbarao , Ruengpung Sutthent , Jun Takehisa (33) , Amilcar Tanuri , Kok Keng Tee , Kiran Thapa , Michael Thomson , Tyna Tran , Willy Urassa , Hiroshi Ushijima , Philip van de Perre , Guido van Der Groen , Kristel van Laethem , Joep van Oosterhout , Ard van Sighem (34) , Eric van Wijngaerden (35) , Anne Vandamme , Jurgen Vercauteren , Nicole Vidal (27) , Lesley Wallace , Carolyn Williams , Dawit Wolday , Jianqing Xu (36) , Chun Yang (37) , Linqi Zhang (38) , Rong T. Zhang (38)
1 John Radcliffe Hospital [Oxford University Hospital]
2 Centre for Statistics in Medicine
3 Stellenbosch University
4 ONUSIDA - UNAIDS [Genève, Suisse]
5 IP - Institut Pasteur [Paris]
6 NMIMR - Noguchi Memorial Institute for Medical Research [Accra, Ghana]
7 ITM - Institute of Tropical Medicine [Antwerp]
8 State Key Laboratory of Silkworm Genome Biology
9 CEA-LETI - Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives - Laboratoire d'Electronique et de Technologie de l'Information
10 Georg-Speyer-Haus
11 The University of Sydney
12 National AIDS Centre
13 Harvard School of Public Health
14 DERI-NUIG - Digital Enterprise Research Institute
15 MFP - Microbiologie Fondamentale et Pathogénicité
16 Laboratoire de Virologie
17 Pathogénèse et contrôle des infections chroniques (PCCI)
18 Departments of Medicine and Microbiology
19 RKI - Robert Koch Institute [Berlin]
20 BUAA - Beihang University
21 Statens Serum Institut [Copenhagen]
22 IRM - Immuno-Rhumatologie Moléculaire
23 SANTE/SIDA [Bobo-Dioulasso, Burkina Faso]
24 CHRU Montpellier - Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier]
25 Department of Microbiology
26 Department of Microbiology, Medical School
27 TransVIHMI - Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques et émergentes
28 Africa Centre for Health and Population Studies
29 Lab-STICC_UBO_CID_IHSEV
30 State Key Laboratory of Infectious Disease Prevention and Control
31 Laboratory of Virology
32 UFRJ - Universidade Federal do Rio de Janeiro [Brasil] = Federal University of Rio de Janeiro [Brazil] = Université fédérale de Rio de Janeiro [Brésil]
33 Departements of Medicine and Microbiology
34 Stichting HIV Monitoring [Amsterdam]
35 Département Génétique Internal Médecine
36 Department of Chemical and Biomolecular Engineering [Baltimore]
37 CDC - Centers for Disease Control and Prevention [Atlanta]
38 China Academy of Chinese Medical Sciences
Shona Kirtley
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 945067
Alash'Le Abimiku
  • Fonction : Auteur
Simon Agwale
  • Fonction : Auteur
Chris Archibald
  • Fonction : Auteur
Boaz Avidor
  • Fonction : Auteur
María Gabriela Barbás
  • Fonction : Auteur
Françoise Barré-Sinoussi
Banson Barugahare
  • Fonction : Auteur
El Hadj Belabbes
  • Fonction : Auteur
Silvia Bertagnolio
  • Fonction : Auteur
Deborah Birx
  • Fonction : Auteur
Aleksei Bobkov
  • Fonction : Auteur
Helba Bredell
  • Fonction : Auteur
Catherine Brennan
  • Fonction : Auteur
James Brooks
  • Fonction : Auteur
Marie Bruckova
  • Fonction : Auteur
Luigi Buonaguro
  • Fonction : Auteur
Franco Buonaguro
  • Fonction : Auteur
Stefano Buttò
  • Fonction : Auteur
Mary Campbell
  • Fonction : Auteur
Jean Carr
  • Fonction : Auteur
Alex Carr
  • Fonction : Auteur
Manuel Gómez Carr
  • Fonction : Auteur
Connie Celum
  • Fonction : Auteur
Beth Chaplin
  • Fonction : Auteur
Macarthur Charles
  • Fonction : Auteur
Dimitrios Chatzidimitriou
  • Fonction : Auteur
Katsumi Chijiwa
  • Fonction : Auteur
Philip Cunningham
  • Fonction : Auteur
Anoumou Dagnra
  • Fonction : Auteur
Cillian de Gascun
  • Fonction : Auteur
Julia del Amo
  • Fonction : Auteur
Elena Delgado
  • Fonction : Auteur
Dennis Ellenberger
  • Fonction : Auteur
Barbara Ensoli
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 922003
Feng Gao
Peter Fonjungo
  • Fonction : Auteur
Deepak Gadkari
  • Fonction : Auteur
Fédérico Garcia
  • Fonction : Auteur
Roger Garsia
  • Fonction : Auteur
Guy Michel Gershy-Damet
  • Fonction : Auteur
Judith Glynn
  • Fonction : Auteur
Ruth Goodall
  • Fonction : Auteur
Zehava Grossman
  • Fonction : Auteur
Monick Lindenmeyer-Guimarães
  • Fonction : Auteur
Beatrice Hahn
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 919207
Raph Hamers
  • Fonction : Auteur
Ray Handema
  • Fonction : Auteur
Xiang He
  • Fonction : Auteur
Joshua He
  • Fonction : Auteur
Africa Ho
  • Fonction : Auteur
Mina Ho
  • Fonction : Auteur
Gillian Hunt
  • Fonction : Auteur
Masahiko Ito
  • Fonction : Auteur
Mohamed Ali Bel Hadj Kacem
  • Fonction : Auteur
Erin Kahle
  • Fonction : Auteur
Pontiano Kaleebu Kaleebu
  • Fonction : Auteur
Marcia Kalish
  • Fonction : Auteur
Adeeba Kamarulzaman
  • Fonction : Auteur
Chun Kang
  • Fonction : Auteur
Phyllis Kanki
  • Fonction : Auteur
Edward Karamov
  • Fonction : Auteur
Jean Karasi
  • Fonction : Auteur
Kayitesi Kayitenkore
  • Fonction : Auteur
Tony Kelleher
  • Fonction : Auteur
Dwip Kitayaporn
  • Fonction : Auteur
Leondios Kostrikis
  • Fonction : Auteur
Claudia Kucherer
  • Fonction : Auteur
Claudia Lara
  • Fonction : Auteur
Thomas Leitner
  • Fonction : Auteur
Kirsi Liitsola
  • Fonction : Auteur
Jai Lingappa
  • Fonction : Auteur
Marek Linka
  • Fonction : Auteur
Ivette Lorenzana de Rivera
  • Fonction : Auteur
Vladimir Lukashov
  • Fonction : Auteur
Shlomo Maayan
  • Fonction : Auteur
Luzia Mayr
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 1022621
Francine Mccutchan
  • Fonction : Auteur
Nicolas Meda
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 889426
Elisabeth Menu
Fred Mhalu
  • Fonction : Auteur
Doreen Mloka
  • Fonction : Auteur
John Mokili
  • Fonction : Auteur
Orna Mor
  • Fonction : Auteur
Mariza Mor
  • Fonction : Auteur
Fausta Mosha
  • Fonction : Auteur
Awatef Moussi
  • Fonction : Auteur
Rafael Najera
  • Fonction : Auteur
Mejda Nasr
  • Fonction : Auteur
Nicaise Ndembi
  • Fonction : Auteur
Joel Neilson
  • Fonction : Auteur
Vivek Nerurkar
  • Fonction : Auteur
Florian Neuhann
  • Fonction : Auteur
Claudine Nolte
  • Fonction : Auteur
Vlad Novitsky
  • Fonction : Auteur
Philip Nyambi
  • Fonction : Auteur
Marianna Ofner
  • Fonction : Auteur
Fem Paladin
  • Fonction : Auteur
Jean Pape
  • Fonction : Auteur
Neil Parkin
  • Fonction : Auteur
Chris Parry
  • Fonction : Auteur
Alex Pelletier
  • Fonction : Auteur
Lucía Pérez-Álvarez
  • Fonction : Auteur
Angie Pinto
  • Fonction : Auteur
Trinh Duy Quang
  • Fonction : Auteur
Cecilia Rademeyer
  • Fonction : Auteur
Filimone Raikanikoda
  • Fonction : Auteur
Ray Rayfield
  • Fonction : Auteur
Jean Reynes
  • Fonction : Auteur
Tobias Rinke de Wit
  • Fonction : Auteur
Kenneth Robbins
  • Fonction : Auteur
Morgane Mor
  • Fonction : Auteur
Chris Rousseau
  • Fonction : Auteur
Jesus Salazar-Gonzales
  • Fonction : Auteur
Hanan Salem
  • Fonction : Auteur
Mika Salminen
  • Fonction : Auteur
Horacio Ho
  • Fonction : Auteur
Paul Sandstrom
  • Fonction : Auteur
Mario Santiago
  • Fonction : Auteur
Abdoulaye Sarr
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 766765
  • IdRef : 200109103
Bryan Schroeder
  • Fonction : Auteur
Philip Selhorst
  • Fonction : Auteur
Sylvester Sempala
  • Fonction : Auteur
Jean Servais
  • Fonction : Auteur
Ansari Shaik
  • Fonction : Auteur
Elijah Songok
  • Fonction : Auteur
Debbie Stewart
  • Fonction : Auteur
Julie Stokes
  • Fonction : Auteur
Shambavi Subbarao
  • Fonction : Auteur
Ruengpung Sutthent
  • Fonction : Auteur
Amilcar Tanuri
  • Fonction : Auteur
Kok Keng Tee
  • Fonction : Auteur
Kiran Thapa
  • Fonction : Auteur
Michael Thomson
  • Fonction : Auteur
Tyna Tran
  • Fonction : Auteur
Willy Urassa
  • Fonction : Auteur
Hiroshi Ushijima
  • Fonction : Auteur
Philip van de Perre
  • Fonction : Auteur
Guido van Der Groen
  • Fonction : Auteur
Kristel van Laethem
  • Fonction : Auteur
Joep van Oosterhout
  • Fonction : Auteur
Anne Vandamme
  • Fonction : Auteur
Jurgen Vercauteren
  • Fonction : Auteur
Lesley Wallace
  • Fonction : Auteur
Carolyn Williams
  • Fonction : Auteur
Dawit Wolday
  • Fonction : Auteur
Rong T. Zhang
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 833252

Résumé

Global genetic diversity of HIV-1 is a major challenge to the development of HIV vaccines. We aimed to estimate the regional and global distribution of HIV-1 subtypes and recombinants during 1990–2015. We searched PubMed, EMBASE (Ovid), CINAHL (Ebscohost), and Global Health (Ovid) for HIV-1 subtyping studies published between Jan 1, 1990, and Dec 31, 2015. We collected additional unpublished HIV-1 subtyping data through a global survey. We included prevalence studies with HIV-1 subtyping data collected during 1990–2015. We grouped countries into 14 regions and analysed data for four time periods (1990–99, 2000–04, 2005–09, and 2010–15). The distribution of HIV-1 subtypes, circulating recombinant forms (CRFs), and unique recombinant forms (URFs) in individual countries was weighted according to the UNAIDS estimates of the number of people living with HIV (PLHIV) in each country to generate regional and global estimates of HIV-1 diversity in each time period. The primary outcome was the number of samples designated as HIV-1 subtypes A, B, C, D, F, G, H, J, K, CRFs, and URFs. The systematic review is registered with PROSPERO, number CRD42017067164. This systematic review and global survey yielded 2203 datasets with 383 519 samples from 116 countries in 1990–2015. Globally, subtype C accounted for 46·6% (16 280 897/34 921 639 of PLHIV) of all HIV-1 infections in 2010–15. Subtype B was responsible for 12·1% (4 235 299/34 921 639) of infections, followed by subtype A (10·3%; 3 587 003/34 921 639), CRF02_AG (7·7%; 2 705 110/34 921 639), CRF01_AE (5·3%; 1 840 982/34 921 639), subtype G (4·6%; 1 591 276/34 921 639), and subtype D (2·7%; 926 255/34 921 639). Subtypes F, H, J, and K combined accounted for 0·9% (311 332/34 921 639) of infections. Other CRFs accounted for 3·7% (1 309 082/34 921 639), bringing the proportion of all CRFs to 16·7% (5 844 113/34 921 639). URFs constituted 6·1% (2 134 405/34 921 639), resulting in recombinants accounting for 22·8% (7 978 517/34 921 639) of all global HIV-1 infections. The distribution of HIV-1 subtypes and recombinants changed over time in countries, regions, and globally. At a global level during 2005–15, subtype B increased, subtypes A and D were stable, and subtypes C and G and CRF02_AG decreased. CRF01_AE, other CRFs, and URFs increased, leading to a consistent increase in the global proportion of recombinants over time. Global and regional HIV diversity is complex and evolving, and is a major challenge to HIV vaccine development. Surveillance of the global molecular epidemiology of HIV-1 remains crucial for the design, testing, and implementation of HIV vaccines.

Dates et versions

hal-01957321 , version 1 (17-12-2018)

Identifiants

Citer

Joris Hemelaar, Ramyiadarsini Elangovan, Jason Yun, Leslie Dickson-Tetteh, Isabella Fleminger, et al.. Global and regional molecular epidemiology of HIV-1, 1990–2015: a systematic review, global survey, and trend analysis. The Lancet Infectious Diseases, 2018, ⟨10.1016/S1473-3099(18)30647-9⟩. ⟨hal-01957321⟩
370 Consultations
0 Téléchargements

Altmetric

Partager

Gmail Facebook X LinkedIn More