Le constat d'une formalisation croissante de la biologie, discipline académique, est posé. En contraste, sa faiblesse au niveau de la biologie enseignée dans le secondaire français est constatée. Cet écart se révèle contradictoire avec l'une des missions de toute discipline scolaire qui est de permettre la construction des paradigmes fondamentaux du champ concerné. L'une des causes serait la posture empirico-réaliste constatée chez certains enseignants de sciences. Elle est attribuée à l'influence excessive d'un modèle « bernardien » de la démarche scientifique et à un rapport particulier aux mathématiques, comme le montre l'enquête que nous avons effectuée. Ce rapport se caractérise chez certains d'entre eux par un sentiment d'exclusion à l'origine d'une attitude de rejet des mathématiques. Ce phénomène conduit à un habitus professionnel incompatible avec toute formalisation de la biologie enseignée. La question de la formation des enseignants et des moyens du dépassement de cet obstacle est alors posée.