Notre utilisation des terres est responsable de nombreux effets délétères et menace la soutenabilité de la vie sur Terre. Dans les systèmes agroforestiers mis en exergue ces dernières années du fait des services écosystémiques qu’ils nous rendent, l’arbre constitue une mosaïque d’habitats spécifiques, en raison de ses structures pérennes aériennes et souterraines, et crée un microclimat modifiant la biodiversité associée et l’activité des organismes. Cependant, peu d’études prennent en compte les effets de l’agroforesterie sur les organismes du sol et les fonctions qu’ils remplissent, en particulier dans la régulation des bioagresseurs. Dans un site expérimental sous climat méditerranéen, nous avons échantillonné des communautés d’organismes micro- et macroscopiques, à la fois dans la culture de céréale (orge) et dans les linéaires d’arbres (robinier faux-acacia) au sein de placettes agroforestières, ainsi que dans des cultures pures d’orge et dans des plantations forestières de robinier faux-acacia. Une méthode basée sur la technique par amplicon barcoding a été utilisée pour les bactéries, champignons et protistes du sol tandis qu’une méthode d’identification morphologique a été utilisée pour la macrofaune de surface, aérienne ou foliaire, les nématodes du sol et les microarthropodes. L’ensemble de ces organismes ont été assignés à des guildes écologiques grâce à un outil (Gratin) basé sur une ontologie commune des interactions dans le sol (SFWO). Les premiers résultats montrent que la biodiversité taxonomique de la méta-communautés en agroforesterie n’est pas simplement un assemblage des communautés associées à chaque plante de couverture planifié dans des systèmes homogènes. Il y a des réarrangements, potentiellement dus à une régulation de certaines populations. Cette étude de la potentielle régulation des bioagresseurs par des auxiliaires de culture en agroforesterie méditerranéenne permet de souligner les avantages et les limites de l’approche fonctionnelle dans l’évaluation de la multifonctionnalité d'un système spatialement hétérogène.