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HAL TEI export of hal-01836348 CCSD CC0 1.0 - Universal

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Identification of lymphocytic choriomeningitis mammarenavirus in house mouse ( Mus musculus , Rodentia) in French Guiana Anne Lavergne c874a6fb46295a0d6dec2ea19987de0c pasteur-cayenne.fr anne-lavergne 15692 50563-15692 https://orcid.org/0000-0002-5304-5574 Benoît de Thoisy 59080ff010057b23d3885024e00d1abc pasteur-cayenne.fr 862322 394013-862322 https://orcid.org/0000-0002-8420-5112 https://www.idref.fr/119608383 Sourakhata Tirera 1101673-0 Damien Donato 869971-0 Christiane B Bouchier 1215825-0 François M. Catzeflis 246767-0 Vincent Lacoste 7832fdae9f913e1c061e2e8e8d93cd69 pasteur-cayenne.fr vincent-lacoste 15983 16392-15983 https://orcid.org/0000-0002-3173-4053 https://www.idref.fr/076920399 Francois Catzeflis fa4fc8daf25df89e01b4f48760c4d921 umontpellier.fr This study was conducted within the “BioViRo” program, supported by an “Investissement d'Avenir” grant managed by Agence Nationale de la Recherche (CEBA, ref. ANR-10-LABX-25-01) and a European commission “REGPOT-CT-2011-285837-STRonGer” grant within the FP7. Field work conducted by BdT was funded by the ViRUSES program, supported by European funds (FEDER) and assistance from Région Guyane and Direction Régionale pour la Recherche et la Technologie, the ZNIEFF Guyane (DEAL Guyane) program, the GUYAMAZON II program, and FC in Trois Palétuviers was funded by Réseau des Observatoires Hommes-Milieux (OHM-Oyapok APR 2013). High throughput sequencing was performed on the Genomics Platform, member of the “France Génomique” consortium (ANR10-INBS-09-08), and we thank Magali Tichit for her technical assistance during this sequencing stage. 2018-07-12 11:47:57 2026-04-15 09:07:05 2018-07-25 14:21:31 2016-01 2018-07-12 contributor Francois Catzeflis fa4fc8daf25df89e01b4f48760c4d921 umontpellier.fr CCSD hal-01836348 https://hal.umontpellier.fr/hal-01836348 lavergne:hal-01836348 <i>Infection, Genetics and Evolution</i>, 2016, 37, pp.225 - 230. <a target="_blank" href="https://dx.doi.org/10.1016/j.meegid.2015.11.023">⟨10.1016/j.meegid.2015.11.023⟩</a> Infection, Genetics and Evolution, 2016, 37, pp.225 - 230. ⟨10.1016/j.meegid.2015.11.023⟩ CC BY-NC-ND 4.0 - Attribution - Non-commercial use - No Derivative Works IRD - Institut de recherche pour le développement CIRAD - Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement Institut Pasteur Sciences De l'Environnement Pasteur Network École Pratique des Hautes Études CNRS - Centre national de la recherche scientifique Institut des Sciences de l'Evolution Institut Pasteur de la Guyane GIP Bretagne Environnement Agropolis Université Paris sciences et lettres Archive ouverte en agrobiosciences Biologie, Ecologie, Evolution, Environnement, Sciences de la Terre et de l'Eau Université de Montpellier TEST-DEV École Pratique des Hautes Études - PSL ANR Université de Montpellier (2015-2021) France Génomique Biomics International No Yes Identification of lymphocytic choriomeningitis mammarenavirus in house mouse ( Mus musculus , Rodentia) in French Guiana Anne Lavergne c874a6fb46295a0d6dec2ea19987de0c pasteur-cayenne.fr anne-lavergne 15692 50563-15692 https://orcid.org/0000-0002-5304-5574 Benoît de Thoisy 59080ff010057b23d3885024e00d1abc pasteur-cayenne.fr 862322 394013-862322 https://orcid.org/0000-0002-8420-5112 https://www.idref.fr/119608383 Sourakhata Tirera 1101673-0 Damien Donato 869971-0 Christiane B Bouchier 1215825-0 François M. Catzeflis 246767-0 Vincent Lacoste 7832fdae9f913e1c061e2e8e8d93cd69 pasteur-cayenne.fr vincent-lacoste 15983 16392-15983 https://orcid.org/0000-0002-3173-4053 https://www.idref.fr/076920399 14167 1567-1348 1567-7257 Infection, Genetics and Evolution Elsevier 37 225 - 230 2016-01 10.1016/j.meegid.2015.11.023 26631809 English Lymphocytic choriomeningitis mammarenavirus French Guiana Complete sequence Mouse Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology Journal articles Journal articles Journal articles

Thirty-seven house mice (Mus musculus, Rodentia) caught in different localities in French Guiana were screened to investigate the presence of lymphocytic choriomeningitis mammarenavirus (LCMV). Two animals trapped in an urban area were found positive, hosting a new strain of LCMV, that we tentatively named LCMV " Comou ". The complete sequence was determined using a metagenomic approach. Phylogenetic analyses revealed that this strain is related to genetic lineage I composed of strains inducing severe disease in humans. These results emphasize the need for active surveillance in humans as well as in house mouse populations, which is a rather common rodent in French Guianese cities and settlements.

Laboratoire des Interactions Virus-Hôtes [Cayenne, Guyane Française]

23 Avenue Pasteur BP 6010 - 97306 Cayenne Cedex

https://www.pasteur-cayenne.fr/la-recherche/nos-equipes/labo_interactions_virus_hotes/ Association Kwata - Etude et protection de la nature [Guyane]

16 avenue Pasteur, BP 60672 97335 Cayenne cedex

Biomics

25-28 rue du Docteur Roux 75724 Paris Cedex 15

https://research.pasteur.fr/en/team/biomics/ 030783291 0000000121887059 199511995P https://ror.org/01cah1n37 Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier UMR ISEM 1995-01-01 2021-12-31

Place E. Bataillon CC 064 34095 Montpellier Cedex 05

http://www.isem.univ-montp2.fr/ 194022845X https://ror.org/01fp8z436 Institut Pasteur de la Guyane 1940-01-01

23 Avenue Pasteur BP 6010 - 97306 Cayenne Cedex

http://www.pasteur-cayenne.fr/ Pasteur Network (Réseau International des Instituts Pasteur)

25, rue du Dr Roux 75724 Paris Cedex 15

https://pasteur-network.org/ Centre de Recherche et Innovation Technologique CITECH

25-28, rue du Docteur Roux, 75724 Paris cedex 15

https://research.pasteur.fr/en/center/citech/ 027936643 0000 0001 2353 6535 https://ror.org/0495fxg12 Institut Pasteur [Paris] IP 1887-06-04

25-28, rue du docteur Roux, 75724 Paris cedex 15

https://www.pasteur.fr 0000000121539871 https://ror.org/05kpkpg04 Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement Cirad 1984-06-01

Siège 42, rue Scheffer 75116 Paris

http://www.cirad.fr 026375478 0000000121955365 https://ror.org/046b3cj80 École Pratique des Hautes Études EPHE 1868-01-01

4-14 Rue Ferrus, 75014 Paris

http://www.ephe.fr 241597595 0000 0004 1784 3645 https://ror.org/013cjyk83 Université Paris Sciences et Lettres PSL

60 rue Mazarine 75006 Paris

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163 rue Auguste Broussonnet - 34090 Montpellier

http://www.umontpellier.fr/ Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226

02636817X 0000000122597504 https://ror.org/02feahw73 Centre National de la Recherche Scientifique CNRS 1939-10-19

https://www.cnrs.fr/ ANR-10-LABX-0025 Laboratoires d'excellence CEBA CEnter of the study of Biodiversity in Amazonia 2010 ANR-10-INBS-0009 France Génomique Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique 2010